Simplemente utilizar una nueva variable y no refrescarla en cada interacción del bucle, esto lo puedes hacer de muchas maneras, por ejemplo usando un contador a 0:
Código PHP:
$last_time = 0;
//nuevo
$cont = 0;
$dif_estatica = 0;
WHILE ($row = mysql_fetch_array($result)){
$num = $row['numero'];
$time = $row['tiempo'];
if($last_time==0) {
$result = 0;
}else{
$result = $time - $last_time;
}
//nuevo - solo se ejecutara la primera vez
if($cont==0) $dif_estatica = $time;
$result2 = $time - $dif_estatica;
echo "<tr>
<td>".$num."</td>
<td>".$time."</td>
<td>".$result."</td>
<td>".$result2."</td>
</tr>";
$last_time = $time;
//nuevo
$cont++;
}