Creas una variable y la vas incrementando:
Código:
var contador = 0;
$.each(data, function(i,item){
contador += +item.importe;
html += '<tr>'
html += '<td>'+item.fecha_vencimiento+'</td>'
html += '<td>'+item.nombre+'</td>'
html += '<td>'+item.ref_factura+'</td>'
html += '<td>'+item.importe+' €</td>'
html += '</tr>';
});