La pregunta tiene sentido, seguro me expliqué mal. La replanteo con ejemplo práctico.
Esto:
<html>
<head>
<title>Pagina</title>
</head>
<body>
<?php
echo "Código PHP.";
?>
</body>
</html>
...o esto:
<?php echo "
<html>
<head> <title>Pagina</title> </head>
<body><p>HTML en PHP.</p></body>
</html>
";
?>
pues eso, que estructura es la más común en desarrollos web.
un saludo y gracias.