tu codigo es un poco enredado, pero si veo algunos problemas por ejemplo el manejo de la etiquetas <tr>
te dejo este simple ejemplo. lo hice lo mas sismple posibe para que te guies mejor;
Código PHP:
Ver original$sql="select * from tabla";
$i=0;
echo "<table>";
echo "<thead>
<th>SISTEMAS</th>
<th>CONTABILIDAD</th>
</thead>";
echo"<tr>";
echo "<td>".$row["var_sisemas"]."</td>";
echo "<td>".$row["var_conta"]."</td>";
echo"</tr>";
$i++;
}
echo "</table>";
Observa el ejemplo, el encabezado no va dentro del while para que no se repita,
saludos espero te ayude cualquier consulta estoy para atender