Cita: Problema: el servidor es IIS...
No, tu problema es pensar que sólo se puede solucionar del lado del servidor.
¿Conoces los procesos de building?
Bueno, podrías usar grunt/gulp para concatenar dichos archivos mediante un proceso automatizado, y el archivo generado es el que colocas en tu servidor web.
Es decir: no hay necesidad de hacerlo "al vuelo" con el servidor.