Hola Enea.
Lo que debes hacer es forzar a que la ventana principal se recargue desde tu popup.
El prefijo "opener" apunta a la página que abrió a tu popup, y el método reload() del objeto location te permite recargar la página en cuestión. Asi, si pones lo siguiente en tu botón de actualizar del popup:
Código PHP:
<input type="button" value="Ok" onclick="javascript:opener.location.reload()">
se recargará la página principal con la misma acción.
Saludos.