Del nginx, no toques nada.
Recuerda revisar el consumo de la cpu y de la ram. Si observas que en periodos con poco trafico no reduce el consumo, baja 5 procesos en:
Código Apache:
Ver originalMinSpareServers 25
y
MinSpareThreads 35
Dices que tienes centos6...... bueno supongo que habrás actualizado a 6.6, no?