Comparar el contenido de 2 celdas de una tabla

[Alexis88]

En el bucle do-while estás creando elementos <input> con el mismo id. De partida, ya estás cometiendo un error pues el valor de dicho atributo debe de ser único en todo el documento. Y también vas a tener problemas al momento de enviar los valores a procesar ya que usas el mismo nombre en todos.

Para lo segundo, te conviene usar un array de <input> para lo cual te basta con añadir dos corchetes [] al nombre. Para lo primero, debes de ejecutar una función por cada vez que escribas en los <input>, para lo cual puedes apoyarte en el evento oninput o en cualquiera de los eventos del teclado. Luego, mediante la propiedad parentNode, toma al elemento padre del <input> (que vendría siendo la celda) y luego al padre de esta (que viene siendo la fila); enseguida, tomas al <input> de la otra celda buscándola mediante su clase (las clases sí pueden repetirse) o nombre y comparas su valor con el del <input> en el que se produjo el cambio.

Un ejemplo:

Código HTML:

<tr>
    <td>
        <input type = "text" class = "foo" oninput = "cambio(this, '.bar')" />
    <td>
    <td>
        <input type = "text" class = "bar" oninput = "cambio(this, '.foo')" />
    <td>
</tr>
 

Código Javascript:

function cambio(input, clase){
    var fila = input.parentNode.parentNode,
        otroInput = fila.querySelector(clase);
 
    if (input.value != otroInput.value){
        input.style.backgroundColor = "red";
    }
    else{
        input.style.backgroundColor = "white";
    }
}
 

Saludos