Ya que el wizard de importación, como el que mencionas, deshabilita los triggers de replicación, no se detectan aquellos registros que se importan de forma masiva.
Una posible solución a este problema para iniciar la sincronizacion:
Código SQL:
Ver originalEXEC sp_addtabletocontents @TABLE_NAME = 'TuTabla'
Para una mayor información:
http://blogs.lessthandot.com/index.p...g-data-into-a/