Siempre y cuando tengas un único encabezado principal para el sitio, bien. En el el caso de HTML5, no debería afectar al SEO ya que HTML5 genera un outline totalmente distinto al de HTML4. La aparición de un nuevo encabezado no implica la creación de una nueva sección, y por lo tanto, cada sección puede tener sus propios encabezados independientes del contenido principal.
Eso desde el punto de vista técnico, claro
