Hola, lo que tú llamas ventanas emergentes, o conocido como pop-up, no es en realidad lo que buscas. Las ventanas emergentes son nuevas instancias del navegador, así que lo que se carga ahí está fuera de tu página.
Seguro que lo que buscas es que te aparezca un contenido sobre tu página, con un overlay semi trasnparente o algo así, pero en la misma ventana. Pues bien, no tiene mayor complicación, si no recuerdo mal puedes usar fancybox, eres tú el que elige el contenido que sale en ese cuadro.
Mira:
http://fancybox.net/howto
Ahí verás que puedes poner imágines, contenido, incluso contenido cargado con ajax.
Crea un formulario, ponlo dentro del contenido que abrirá fancybox y listo.