En la tabla donde guardes la uñtima conexión tiene que estar también el usuario que la hace, o viceversa. Luego, tan solo tendrás que actualizar el valor de última conexión de ese usuario cuando haga login. Algo como:
Código PHP:
Ver originalUPDATE nombre_tabla SET ultima_conexión='" . time() . "' WHERE id_cliente=" . $idDelCliente . "