web con notificaciones

[tuxceno]

estoy programando en php con tecnologia push notificaciones para una web que estoy desarrollando. las notificaciones son del tipo facebook y todo va muy bien el problema es el siguiente, la web la voy a montar de manera local en una intranet en una pc que tiene ubuntu y el servidor es un apache del paquete LAMP.

El problema que no puedo resolver es como hacer que las notficaciones se activen sin que el usuario abra la web, o sea quiero que la notificacion salga a nivel de sistema operativo. pero como programo eso o como enlazo mi web al notificador de ubuntu o de windows por que las plataformas son diversas.