consulta con limit es muy lenta

[gnzsoloyo]

no veo el filtro para el campo eliminado=0.

Pues agrégalo...

Código MySQL:

SELECT ID, orden
FROM (SELECT ID, (@pos:=@pos+1) orden
           FROM empresa JOIN (SELECT @pos:=0) T
           WHERE eliminado = 0) T2
WHERE MOD(orden, 100) = 0;
 

Y luego, hazme un favor: prueba la consulta haciendola correr en MySQL y fíjate qué devuelve...