consulta con limit es muy lenta

[gnzsoloyo]

Pues obtén previamente la lista de saltos...

Código MySQL:

SELECT ID, orden
FROM (SELECT ID, (@pos:=@pos+1) orden
           FROM tabla JOIN (SELECT @pos:=0) T) T2
WHERE MOD(orden, 100) = 0;
 

Si la armé bien, eso debería devolverte una lista de IDs que correspondan a las posiciones 100, 2000, 300, etc., con la posicion que se obtendrá en el paginado. Esa consulta deberás hacerla antes de mostrar nada, y conservar el resultado en memoria para usos posteriores.
Como estás consultando por el ID, usualmente MySQL utilizaría el indice primario, sin acceder a la tabla, que es mucho más rápido.

Nota Bene: Esto lo estoy ideando en este momento, haría que porbarlo pero me parece qu e puede funcionar.