Bueno, me auto respondo, voy a tomar lo que me dijo hhs y voy a dejar el id del autoincremento para ya no calcularlo, y con el otro para validar si el usuario existe, encontre otra forma que es
Código PHP:
$conteus="SELECT * FROM ".$prefijotienda."_usuarios WHERE usuario='$usuario'";
$conver=$con->query($conteus);
$converr=$conver->fetch(PDO::FETCH_ASSOC);
if(empty($converr)){
echo "No existe";
//codigo para insertar usuario
}
else{
//codigo para arrojar mensaje de error que existe usuario
}
Tal vez sea poco ortodoxa pero es lo unico que encuentro por el momenot, si alguien sabe por que no hace SELECT COUNT(*) por favor aviseme