Iba a modificar el mensaje original pero no me deja
Para no tener problemas con la codificación es recomendable generar el archivo volcado mediante el parámetro -r
Código PHP:
system("mysqldump -h $myhost -u $myuser -p$mypass --opt {$database[0]} -r $OUTDIR$tempfile");
A la hora de importar mejor también hacerlo desde la consola MySQL con SOURCE <nombre_archivo_sql>, en lugar de mysql < <nombre_archivo_sql>