La respuesta corta: Ninguno, para proyectos grandes lo mejor es que hagas un CMS a tu medida (uno propietario).
La larga, aquí:
WordPress te puede servir perfectamente y, como dices, con MU puedes tener varias "instalaciones" que dependen de la instalación principal.
Aunque para grandes grandes grandes grandes grandes proyectos la gente por aquí suele recomendar
Plone.
De todos modos lo mejor siempre para grandes proyectos es que crees tu propio CMS. Es la única manera de tener tú el control de absolutamente todo y no tener cosas innecesarias. Pero para esto necesitas unos conocimientos bastantes avanzados y no tendrás detrás una comunidad, como la de WordPress, que te reportará todos los errores para arreglarlos.