Leer miles con coma y sin coma

[gustavoghgx]

Hola,
Tal vez mi duda sea muy básica, pero no la he resuelto.
Tengo una función muy sencilla que lee un número y muestra un mensaje:

El problema es que quiero que también lea el número que escribe el usuario cuando lo escribe con comas en los miles:
Ejemplo, que si el usuario pone 1,000 ---> la funcion lo tome como 1000.

Este es mi código:

Código HTML:

function cotizarfactura()
{

	var factura=document.getElementById("factura").value;	
    var factura=document.getElementById("factura").value;
    
	if(factura==""){
			document.getElementById("Comenta").innerHTML="Por favor, introduce la cantidad correcta de facturas.";
            document.getElementById("paqueteL").innerHTML="No disponible";
            document.getElementById("operacionesL").innerHTML="No disponible";
            document.getElementById("precioL").innerHTML="No disponible";
	}
	else if(factura<=0){
			document.getElementById("Comenta").innerHTML="Por favor, introduce la cantidad correcta de facturas.";
            document.getElementById("paqueteL").innerHTML="No disponible";
            document.getElementById("operacionesL").innerHTML="No disponible";
            document.getElementById("precioL").innerHTML="No disponible";
	}
    else if(factura<=1000){
			document.getElementById("Comenta").innerHTML="Te recomendamos el siguiente paquete:";
            document.getElementById("paqueteL").innerHTML="Micro";
            document.getElementById("operacionesL").innerHTML="1,000";
            document.getElementById("precioL").innerHTML="&dollar;2,593.76";
	}
    else if(factura<=2500){
			document.getElementById("Comenta").innerHTML="Te recomendamos el siguiente paquete:";
            document.getElementById("paqueteL").innerHTML="PyME";
            document.getElementById("operacionesL").innerHTML="2,500";
            document.getElementById("precioL").innerHTML="&dollar;5,558.72";
	}
    else if(factura>=2501){
			document.getElementById("Comenta").innerHTML="Por favor comun&iacute;cate con uno de nuestros asesores para dise&ntilde;ar un plan de acuerdo a tus necesidades.";
            document.getElementById("paqueteL").innerHTML="Necesitas asesor&iacute;a";
            document.getElementById("operacionesL").innerHTML="Necesitas asesor&iacute;a";
            document.getElementById("precioL").innerHTML="Necesitas asesor&iacute;a";
	}
}