Lo primero es que tienes la etiqueta form cerrada antes de los inputs.
Si he entendido bien lo que quieres, te valdría con añadir el evento onclick al checkbox (onclick="check_repite(this);" por ejemplo) y con javascript comprobar si esta marcado o no:
Código PHP:
<form action="<?php echo $editFormAction; ?>" method="post">
<input name="nombre1" id="nombre1" type="text" onClick="popup()" class="validate[required]">
<input name="repite" type="checkbox" value="" checked="CHECKED" onclick="check_repite(this);" />
<input name="nombre2" id="nombre2" type="text" onClick="popup()" class="validate[required]">
</form>
<script>
function check_repite(input)
{
if (input.checked)
{
document.getElementById("nombre2").value = "";
}else{
document.getElementById("nombre2").value = document.getElementById("nombre1").value;
}
}
</script>