Buenas,
Si, aparentemente te has instalado la version de eclipse que sirve solo para proyectos Java clasicos.
Te falta una extension llamada WTP (Web Tools Platform). Quizas la puedas instalar desde el update o bien desde aqui:
http://download.eclipse.org/webtools/downloads/
En cualquier caso, yo te recomiendo que mejor te baje la ultima version de eclipse luna (ojo!, la version Eclipse IDE for Java EE Developers!) que viene con soporte para Tomcat 8 (seguramente no te va a funcionar en indigo).
Un saludo