Como restar time

[Kritik]

//Creo las dos instancias de fecha
GregorianCalendar gc = new GregorianCalendar(2000, 11, 20);
GregorianCalendar gc1 = new GregorianCalendar(2000, 11, 25);
//Obtengo los objetos Date para cada una de ellas
Date fec1 = gc.getTime();
Date fec2 = gc1.getTime();
//Realizo la operación
long time = fec2.getTime() - fec1.getTime();
//Muestro el resultado en días
System.out.println(time/(3600*24*1000));

Ahora un par de consideraciones:
•El método getTime() retorna un long que simboliza la cantidad de milisegundos transcurridos desde el 01/01/1970.
•El resultado de restar los dos long da como resultado (nuevamente) cantidad de milisegundos.
•La fórmula time/(3600*24*1000) sirve para pasar los milisegundos a días.

En tu código introduce un System.out.println después de cada instrucción, así sabrás donde obtienes un resultado deseado y donde no.

long tiempoInicial=fechaInicio.getTime();
System.out.println(tiempoInicial);
long tiempoFinal=fechaFin.getTime();
System.out.println(tiempoFinal);
etc...

Ya los quitarás cuando tengas tu código funcionando y haciendo lo que quieres.