Muchas gracias por sus respuestas he probado ambas soluciones, pero no he logrado que funcione en linux. En windows funciona bien.
Sin embargo cuadno intento el linux, usadno el xwininfo, sigue sin funcionar, no encontre una forma de hacer esto en jna así que decidír ejecutar un comando linux para obtener la info desde proc, pero tampoco funciono xwininfo, funciona desde eclipse pero desde el jar no retorna nada.
esto es lo que hago
Código Java:
Ver originalFile f
= new File(this.
getClass().
getResource("/org/systrix/timetracker/util/processName.sh").
getPath());