Buenas,
.htaccess es el sistema que utiliza el servidor Apache para autorizar. Solo funciona con dicho servidor.
Puedes,
-Seguir utilizando el servidor web apache como front de recursos estaticos, redirigiendo al servidor java mediante mod_jk o ajp.
-Configurar el servidor java que utilices para que haga algo similar. Por ejemplo, Tomcat utiliza el concepto de
Realms para hacer cosas parecidas:
https://tomcat.apache.org/tomcat-7.0...alm-howto.html
Un saludo