Hola;
No está bien. fflush toma como parámetro de entrada un puntero a un flujo de salida, no de entrada. Algunos compiladores tienen como extensión la posibilidad de enviarle un flujo de entrada, pero no es esperable el mismo resultado en otros compiladores. Aquí hay una referencia:
http://www.cplusplus.com/reference/cstdio/fflush/
Por otro lado, la consola de Eclipse no es una consola real, y suele comportarse un poco diferente a la consola del sistema operativo donde se encuentre.
Yo creo que lo primero es quitar esa línea (que de todos modos no es necesaria), y volver a probar.