Teniendo en cuenta que los detalles dependen del proveedor, te respondo pensando en un hosting con cPanel, que es la plataforma más popular, aunque no la única.
Con cPanel hay siempre un dominio principal, con el que contratas el plan, y luego se añaden dominios adicionales.
Cita:
Iniciado por GekoDH 
1 - ¿Puedo crear accesos FTP que sólo puedan acceder a dichas carpetas y no a la raíz?
Sin problemas. De hecho, se crean automáticamente al dar de alta dominios adicionales.
Puedes colocar las webs fuera de la raíz o usar un .htaccess como te comenta
atlanticadigital.
Cita: 3 - Veo que normalmente (CDmon al menos) tener múltiples dominios bajo el mismo plan no incluye tener distintas cuentas de correo para dichas cuentas, ¿a los clientes les suele importar el correo proporcionado por el hosting?
Esto de normal no tiene nada. ¿Seguro que no te dejan crear correos para cada dominio? En un hosting normal, vas a poder crear cuentas sin problemas. Y sí, yo creo que los clientes prefieren usar cuentas con su propio dominio, es la solución más profesional.
No te aconsejo un plan reseller, y sobre todo, no te aconsejo que te hagas pasar por una empresa de hosting, que es a lo que acaban llevando los planes resellers (no digo que sea tu intención). Vale más ser transparente con los clientes, incluso podrías simplemente elegirles el hosting que te parezca adecuado, montarlo todo, y que se encarguen ellos de pagos, etc.