OK.. mira.. si quieres trabajar con sql server y distribuir la aplicacion obviamente tendrías que instalar sql server en cada makina.. o bien.. si estas en red.. instalar sql en tu server y conectarte a dicho server...por otro lado... si están tus archivos en xml.. no hya problema... puedes insertar.. modificar.. borrar.. etc... puedes traerte todas las tablas.. y si tienes relaciones en tus tablas (que es lo mas seguro) no hay problema.. ya que tambien te las puedes crear en tu esquema.
Todo esto te lo permite el DataSet
Saludos