1 - ¿Puedo crear accesos FTP que sólo puedan acceder a dichas carpetas y no a la raíz?
Si, podes hacerlo.
2 - Si tengo una web en la raíz, digamos
www.webdepepe.com y otra web en una carpeta llamado jaimito, digamos
www.webdejaimito.com, ¿desde
www.webdepepe.com/jaimito se accedería a la segunda web no? ¿Entonces lo mejor sería no tener ninguna web en la raíz?
Podes hacer, mediante .htaccess que no se vea el subdominio o la carpeta /jaimito desde la primer web. De esta forma te quedaria el dominio adicional casi indipendiente (compartira el mismo panel de control). En este caso tu empresa de hosting podra asesorarte al respecto.
3 - Veo que normalmente (CDmon al menos) tener múltiples dominios bajo el mismo plan no incluye tener distintas cuentas de correo para dichas cuentas, ¿a los clientes les suele importar el correo proporcionado por el hosting?
Si, los clientes suelen buscar poder utilizar su propio dominio con la web. Podes crearles vos las cuentas de correo, aunque muchos clientes te pediran tener su propio panel de control para gestionar ellos mismos sus cuentas de hosting.
Podrias comenzar con un plan multidominio sin problemas. Pero lo mas recomendable, como te han indicado anteriormente, es que contrates un plan del tipo reseller. En este caso los clientes tendran total independencia, su propio panel de control. No es necesario que sepas de administracion de servidores para esto y el panel de control reseller es muy facil de manejar.
saludos.