Por si alguien tuvo el mismo problema:
Al llamar el nuevo formulario con javascript el codigo para los selects ya no estaba ligado, lo que hay que hacer es declararlo de esta manera:
Código Javascript
:
Ver original$(document).change('#empresa', function(){
var id=$('#empresa').val();
$('#sub_emp').load('combo.php?id='+id);
en lugar de declarar el javascript como lo habia puesto anteriormente.
De cualquier manera gracias por su ayuda.