Duda general de la estructura de carpetas

[Balita]

Buenos días, aquí viene mi duda, estoy haciendo un script bastante complejo que tiene bastantes archivos entonces el script para que no sea lioso, lo tengo ramificado en carpetas. por ejemplo: en la carpeta principla tengo el index, el registro, etc. luego tengo la sub carpeta fotos(donde creo carpetas automaticamente para cada usuario) la subcarpeta rango la cual contiene los rangos que habra en la aplicación y dentro de cada rango, estan otras carpetas con el nombre que les define y ahi dentro se encuentra el codigo que ejecuta esa partede codigo. visiblemente es más comodo pero nose si es menos optimo o peor así, lo he hecho por no tenerlo todo junto, ¿que opinais?
un saludo