allow_url_include como hacerlo de manera segura

[pateketrueke]

Pues si "crees" que habilitando allow_url_include vas a "resolver" tu problema: te equivocas.

No es para nada seguro hacerlo, y además no es como crees que funciona:

1. Primero el script se ejecuta en el servidor, siempre, jamás podrás obtener el código fuente del mismo
2. Acceder al mismo script usando HTTP es lo mismo que ver abrirlo con el navegador, a ver si te haces una idea
3. Hay mejores formas de mantener muchas replicas del software, ¿te darás una idea de cómo le hacen en el mundo del software abierto?

Vamos, podrías distribuir tu código base como una dependencia de Composer.

Si las aplicaciones dependientes de la misma requieren actualizar sus dependencias lo harás a través de Composer nuevamente.

¿Por qué no haces un fork de dicha aplicación y mantienes las dependencias?

No hay dificultad en ello, así de simple.