Buenas,
En ese caso tendras que utilizar efectivamente un browser que se ejecute en segundo plano y pueda interpretar el javascript.
Las opciones mas logicas serian Selenium y HTMLUnit.
http://www.seleniumhq.org/ http://htmlunit.sourceforge.net/
Selenium se basa en los drivers de rendering de los propios navegadores (webkit y gecko).
HTMLUnit es una implementacion de un navegador hecha desde cero en java por lo que no depende de drivers externos. Es mas rapida, pero su implementacion e interpretacion de javascript puede no ser tan precisa y potente como la que hacen los navegadores.
Yo he utilizado mucho Selenium y funciona bastante bien. HTMLUnit, ni idea...
Un saludo