Amigo con este código puedes animar los enlaces internos y eliminar el "#" del url:
Código:
$(document).ready(function(){
linkInterno = $('a[href^="#"]');
linkInterno.on('click',function(e) {
e.preventDefault();
var href = $(this).attr('href');
$('html, body').animate({ scrollTop : $( href ).offset().top}, 'slow');
});
});
Saludos!