Bueno, ya encontré la solución. Cuando se tiene un archivo cer y una clave privada por separado se debe generar un archivo .pfx y luego importarlo en IIS. Esto se hace con openssl (
https://www.openssl.org/related/binaries.html), y luego con la instrucción openssl pkcs12 -export -out domain.name.pfx -inkey domain.name.key -in domain.name.crt
Está todo en el siguiente link, para no llevame los créditos que no me corresponden
http://stackoverflow.com/questions/6...nd-private-key
Lo dejo pues puede que a alguien le sirva
Saludos!