Hola,
Porqué excel tiene 10480000 filas si no puede trabajar con ellas optimamente, es algo que le deberías preguntar a Microsoft.
El hecho es que si quieres ejecutar una fórmula BuscarV y arrastrarla para 538000 filas el proceso se demorará durante horas.
Además cualquier otra operación adicional que realices sobre el archivo hará que se recalculen todas las fórmulas otra vez (a no ser que desactives el cálculo automático) lo que te volverá a ocupar horas.
La solución pasa por tratar tu información de otro modo, pero si no lo quieres aceptar como alternativa, entonces me sumo a la sugerencia de Perr0
Cita: un i3 de un nucleo con 32G RAM
Saludos!