no soy un experto en CSS pero porque 100% en html y body, si el container tiene 94%
en todo caso ponle 94% tanto al Body, como al HTML igual que al Container (ese es tu problema)
Código HTML:
Ver original<!DOCTYPE html>
*{
padding: 0;
margin: 0;
}
html{
width: 100%;
height: 94%;
}
body{
background-color: #282828;
width: 100%;
height: 94%;
}
#container{
display: block;
width: 94%;
height: 94%;
margin: 3% 3%;
background: #fff;
min-height: 100%;
}
<div id="container">Hola Mundo!
</div>
Demo: http://codepen.io/AngelKrak/pen/WbPYRq