Buenas,
Si solo quieres saber "como acceder a un archivo binario en bloques i a con un offset de n bytes..."...
Porque nos cuentas todo lo anterior??
Para acceder al fichero con un offset concreto puedes usar el metodo read de la clase FileInputStream/DataInputStream:
http://docs.oracle.com/javase/7/docs...html#read(byte[],%20int,%20int)
Un saludo