No acabo de entender las referencias a objetos

[Profesor_Falken]

Buenas,

Pues si, deberias hacer como dices. Si no los 'nodes' de Inputs estaran a null y no contendran las referencias a los nodos.

Lo que no tienes ningun sentido es que leas dos veces el mismo fichero: una vez para contar las lineas y otra para escribirlas.
Probablemente Inputs deberia ser una estructura dinamica que se adapte automaticamente. Puedes crear tu mismo facilmente esa estructura con listas enlazadas o bien utilizar alguna de las que provee la api de java, como ArrayList por ejemplo.

Un saludo