Esto
Cita: ya eh probado agregar la ruta y clave del certificado para que lo tome antes de llamar al método del web service,
Cita: Cree un keystore (.JKS) desde CMD, y le agregue al código java del programa la url y clave del mismo,
no es lo mismo que esto
Cita: Ya agregué el certificado que utiliza el web service a cacerts,
Puedes decirle que busque el certificado en un jks distinto al cacerts, pero entonces habría que ver qué es lo que has puesto en el código para que haga eso. Si lo pones en el cacerts del servidor, no debería hacer falta hacer nada.
Mientras no digas qué servidor usas (versión), qué framework has usado para realizar el cliente, cómo es el código del cliente que funciona, y si estás metiendo directamente en jar en el war o si has añadido las clases, poco se puede decir.