Para que te funcionara en tu proyecto de sólo el cliente, tenías que tener el certificado en el cacerts (si es certificado servidor) de tu JRE.
Cuando usas un servidor, normalmente usan su propia JRE, así que tienes que añadir el certificado a ese cacerts. Puede ser que el servidor no tenga los mismos certificados que tu JRE, revísalo.
http://keystore-explorer.sourceforge.net/
En el caso de que sea un certificado cliente, tendrás que decirle dónde cogerlo o añadirlo al almacén por defecto que use el servidor.