Hola otra vez:
Yo suelo hacer lo siguiente, uso una variable para las ventanas que inicializo a false...
var mi_ventana = false;
... luego, al querer abrir la ventana hago un chequeo...
if (mi_ventana) // si no es falsa es que está abierta...
{
aquí las acciones para una ventana abierta
}
else
{
mi_ventana = window.open(...); /* si chequeamos mi_ventana ahora es verdadera... */
// las demás acciones para la ventana abierta recientemente
}
Espero que te sirva.
Saludos