Hola dantemiguelturcutto! Estás pisando muchas etiquetas, en ambos archivos tienes <html><head><body>... esto debes limpiarlo. Para que el código te quede limpio para cuando sea interpretado por el navegador, debe quedar así:
En menu.php
Código PHP:
<nav class="menu">
<ul class="menu">
<li class="menu">
<div class="contenedor" id="inicio">
<a href="inicio.php">
<div class="normal">
<p class="normal"><span class="icon-house"></span>Inicio</p>
</div>
</a>
</div>
</li>
<li class="menu">
<div class="contenedor" id="laempresa">
<a href="laempresa.php">
<div class="normal">
<p class="normal"><span class="icon-info"></span>Nosotros</p>
</div>
</a>
</div>
</li>
<li class="menu">
<div class="contenedor" id="ubicacion">
<a href="ubicacion.php">
<div class="normal">
<p class="normal"><span class="icon-location"></span>Ubicación</p>
</div>
</a>
</div>
</li>
<li class="menu">
<div class="contenedor" id="productos">
<a href="productos.php">
<div class="normal">
<p class="normal"><span class="icon-light-bulb"></span>Productos</p>
</div>
</a>
</div>
</li>
<li class="menu">
<div class="contenedor" id="marcas">
<a href="marcas.php">
<div class="normal">
<p class="normal"><span class="">®</span>Marcas</p>
</div>
</a>
</div>
</li>
<li class="menu">
<div class="contenedor" id="contacto">
<a href="contacto.php">
<div class="normal">
<p class="normal"><span class="icon-mail"></span>Contacto</p>
</div>
</a>
</div>
</li>
</ul>
</nav>
y en banner.php (inlcuye las hojas css)
Código PHP:
<!DOCTYPE html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="UTF-8">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="banner.css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="menu.css">
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="fonts/style.css">
<title>Banner</title>
</head>
<body>
<div id="cuerpo">
<div id="logo">
</div>
<div id="menu">
<?php include("../Menu/menu.php"); ?>
</div>
<div id="barra">
<p class="barra">Tel: xxxx-xxxxxx / Fax: xxxx-xxxxxx </p>
</div>
</div>
</body>
</html>