A ver si te entiendo, con Javascript estás manipulando el formulario ocultando y modificando campos, que supongo ahí estará la de la fecha, etc.
Entonces, ¿por qué crees que el problema tiene que ver con PHP y no con Javascript?
Vamos, que tu script de PHP sólo recibe los datos, ¿pero ahí crees que esté el problema o qué relación le ves tú?
Yo sólo entiendo que tu problema tiene que ver mucho más con tu rutina de Javascript que con otra cosa.