Ahora si lo he probado. Tenía un error en strpos.
Código PHP:
$embed = '<embed src="http://misitio.com/static/swf/misitio-player.swf" width="320" height="240" allowscriptaccess="always" allowfullscreen="true" flashvars="file=http://misitio.com/m/p/25/jc/25jc9b.mp3&image=http://misitio.com/m/p/t/l/25/jc/25jc9b.jpg" />';
//Buscas la posición de flashvars
$start = strpos($embed, 'flashvars=');
//Recortas la parte de atrás del string desde ", por eso el + 10
$flashvars = substr($embed, $start + 10);
//Eliminas lo que no quieres del string nuevo quitándole los espacios al final
$flashvars = trim(str_replace(array('"', "/>", "file=", "image="), '', $flashvars));
//Divides el string sin comillas por el & y te queda un array con las dos URLS
$array = explode("&", $flashvars);