A ver si entendi, aca estaria la logica, vos adaptalo.
Código PHP:
//Devuelve un string de un numero aleatorio entre 0 y 100 y lo rellena con 0
function generarNumeroAleatorio(){
return str_pad(rand(0,100),3,'0',STR_PAD_LEFT);
}
$numero_aleatorio;//aca guarda el numero generado por cada ciclo
$numeros_tabla = array('001','033','008'); //los numero que no tienen que coincidir con el numero aleatorio
while(true){
$numero_aleatorio = generarNumeroAleatorio();
if(!in_array($numero_aleatorio,$numeros_tabla)) //si no se encuentra entre los numero de la tabla
break; //corto el ciclo while
}
echo $numero_aleatorio; //mostramos el numero generado