Hola ecosin, bienvenido a los foros
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En primer lugar voy a ver si puedo contestarte la pregunta concreta...
Para ir a un popup abierto desde una ventana, tienes que darle un nombre en el momento de crearlo, por ejemplo:
var mi_ventana = window.open(...); // creo que sabes lo de adentro...
luego desde la página abridora puedes verla desde "mi_ventana"...
por ejemplo, para poner el fondo negro sería:
ventana.document.bgcolor = "black";
Pero, no crees que sería mejor "armar" el pop-up con todos los elementos que requieran cotizaciones de una sola vez... supongo que sería sencillo usando checkboxes...
Saludos