Cita:
Iniciado por marcusaurelio 
es por que.. siempre la estas definiendo.. $_SESSION["timeout"] = time();, deberias meter eso en un if... es decir que si no existe $_SESSION["timeout"] o la condicion que prefieras
Hola marcusaurelio pero el problema que veo, es que si el usuario ingresa en otro módulo entonces nunca va actualizar ese tiempo y siempre será el del inicio.