Cita: ¿Como puedo hacer para consumir ese xml directamente desde su url?
Si es un servicio soap haciendo un cliente con JAX-WS o un framework adecuado.
Si es un servicio rest, haciendo un cliente con JAX-RS o un framework adecuado o llamando a esa url igual que harías con cualquier página web.
Cita: ¿Sera mejor descargar el archivo xml y trabajarlo localmente, o consumirlo online?
¿Qué diferencia hay entre descargar algo y consumirlo online? Ninguna, es lo mismo.
Cita: ¿Como puedo tener un persistencia con ese archivo?
Pues igual que cualquier otro dato dependerá de para qué lo quieras.
Puedes guardarlo en una base de datos como xml, "trocearlo" (unmarshall) para que coincida con los campos de una(s) tabla(s), guardarlo directamente en ficheros de texto, etc.