Posible error en la migración

[Goullak]

Gracias por responder lauser,

Con la primera de tus opciones el funcionamiento es el mismo, hago click en cualquier cosa y aunque me cambia la dirección en la barra de navegación, la página que muestra es la de inicio. La segunda opción en cuanto me muevo de la página de inicio me muestra una página por defecto del hosting, como si no existiese esa página.

Descartando posibilidades he achacado el problema al .htaccess, por eso estoy centrado en esta posibilidad.

Esta web esta hecha con Codeigniter y tiene una estructura similar a otras muchas. Como ejemplo la ruta donde están los archivos de la web:

/carpeta_web/application/config (config.php, routes.php, database.php,...)
/carpeta_web/application/controllers
/carpeta_web/application/errors
/carpeta_web/application/helpers
/carpeta_web/application/hooks
/carpeta_web/application/language
/carpeta_web/application/libraries
/carpeta_web/application/models
/carpeta_web/application/plugins
/carpeta_web/application/views (aquí dentro se subdividen varias carpetas con los .php de cada sección de la web)

El archivo config.php ha sido modificado para que en lugar de apuntar al antiguo dominio, apunte a este dominio "por defecto". En database.php he modificado los datos de acceso a la nueva base de datos.