Hola que tal, bueno yo te lo dire de un modo que ami me funciono.
Lo que dices es verdad, tu puedes tener 1 solo archivos css y 1 solo archivo js, pero supon que tu proyecto es muy grande y por tanto tu css es igual muy grande.
Lo mejor es tener separadas las opciones y su diseño, para evitar tener problemas y si se ocupa hacer un cambio lo puedas hacer mas rapido en una porcion de codigo que tener que buscar en todo el mundo de lineas donde aplicaras el cambio.
Yo asi lo hago y la verdad que se me hace mas comodo y rapido al hacer un cambio.
Pero como siempre, cada quien tiene su modo de programar.
Saludos
